Sayyida Khodijah Habib adalah anak ke-1 dari Khaulah dan Habib, yang merupakan anak ke-3 dari Hilda dan Fathuddin Ja'far, yang merupakan anak ke-6 dari Hj. Rosyidah dan H. Nawawi, yang merupakan anak ke-1 dari Haji Basir dan Hj. Asmani.