Muhammad Umar Alkholifah adalah anak ke-1 dari Maryam dan M Masyhadi, yang merupakan anak ke-1 dari Hilda dan Fathuddin Ja'far, yang merupakan anak ke-6 dari Hj. Rosyidah dan H. Nawawi, yang merupakan anak ke-1 dari Haji Basir dan Hj. Asmani.