Fani Khairunissa adalah anak ke-2 dari Jihan dan Yadi Pitaraga, yang merupakan anak ke-4 dari Nur Hilmiyah dan Aji, yang merupakan anak ke-2 dari Hj. Siti Latifah dan H. Abdul Hamid Muchtar, yang merupakan anak ke-9 dari Haji Basir dan Hj. Rodiah.